Warsztaty opracowywania ognisk ASF

Wpólnie z niemieckimi epidemiologami przygotowywujemy warsztaty z modelowania matematycznego oraz analizy sieciowej w analize i opracowywaniu ognisk chorób zakaźnych 18-20.03.2019 w Berlinie. Główny target to środowisko „One health” i bedzię troche weteryniarzy, ale zapraszamy też biologów, epidemiologów itp.. Mamy na ten cel finansowanie unijne i jak ktoś się zgłosi do 31.01 to jest szansa, że uda mi się Wam sfinansować pobyt.

http://www.vetmed.fu-berlin.de/en/einrichtungen/institute/we16/aus_und_weiterbildung/snaworkshop/index.html

ASF protesty

Ogromna ilość nieprawdziwych informacji i to z lewa i z prawa odnośnie planowanej redukcji populacji dzika w związku z upolitycznieniem akcji, skłania nas do zabrania głosu. Przede wszystkim krótką wiarygodną prezentację problemu na temat dzików i ASF można znaleźć w liście otwartym polskich naukowców oraz w naszych pracach np. omawianych na tym blogu i przyłączamy się do listu, aczkolwiek nie bezwarunkowo, gdyż głos hodowców świń został tam pominięty. Naszym zdaniem najważniejszym argumentem za nielimitowanym odstrzałem dzików jest brak analizy kosztowo-efektywnej takiej akcji. Jedynym krajem, który próbował tej metody była Białoruś, która nie chwali się efektami akcji, aczkolwiek z analiz szeregów czasowych notyfikacji potok zakażonych dzików z Białorusi nie ustał. Należy jednak zwrócić uwagę, że redukcja populacji dzików w zachodniej Polsce potencjalnie może zmniejszyć ryzyko introdukcji i odsunąć w czasie endemizacji choroby zwłaszcza w tzw. „wielkopolskim świńskim dołku”, ale nie są nam znane żadne krajowe analizy na ten temat. Zgodnie z naszymi analizami odpowiedź układu jest nieliniowa i jedynie radykalna redukcja populacji, przy zachowaniu założeń bioasekuracji zwłaszcza w chlewniach, realnie może zmniejszyć prawdopodobieństwo introdukcji choroby. Należy zwrócić uwagę, że ani z naszych analiz ani obserwacji historycznych w Europie, redukcja populacji dzików na terenie endemicznym, nie wpływa na dalsze rozprzestrzeniania się choroby. Jedynie zmniejszenie liczebności osobników w watahach może realnie wpłynąć na rozwój epidemii w obszarach już endemicznych (jak większość Polski wschodniej).

A sytuacja jest poważna, bo ednamizacja ASF-może spowodować zamieszki na niespotykaną w III RP skalę. Dlaczego? A to że np. na Ukraina chronicznie dotkniętej epizootią ASF zmniejszyło się pogłowie trzody chlewnej z około 8 mln przed introdukcją ASF do 3 mln w roku 2018 i dalej spada. Na obszarze endemicznym w Polsce (do czerwca 2017) 90% farm (około 30 000) zaprzestało działalności nie bezpośrednio przez ASF (zanotowano jedynie około 100 ognisk), ale ze względu brak możliwości do zastosowanie się do ustawowych norm bioasekuracji. A teraz przechodzimy do sedna sprawy – czyli działania rządu i podległym mu instytucji. Otóż przez 4 lata nie zrobiono w tej sprawie praktycznie nic. Naszym szczęściem w tej sytuacji jest obecność w Unii Europejskiej, bo cała analiza ryzyka i oparte na dowodach działania mitygacyjnie bazuje niemal wyłącznie na badaniach zespołów zagranicznych, w tym Polaków afiliowanych zagranicą. Ani NCN ani NCBiR ani Ministerstwo Rolnictwa/ Środowiska nie zaproponowało żadnego realnego do wykonania naboru do wykonania analiz naukowych, zwłaszcza że Inspekcja Weterynaryjna czy Instytut Weterynarii nie wyrabiają się (bo nie są w stanie) z narzuconych im obowiązków. Mamy rok podwójnie wyborczy i nagle na szybko zaplanowano redukcję pogłowia (nota bene pierwotnie miało to byś 210 tyś osobników w sezonie 2018/2019) czyli mniej niż w latach ubiegłych. Zaprzyjaźnione koło łowieckie w obrębie południowym województwa dolnośląskiego otrzymało instrukcje zgodnie z planem, więc przynajmniej w naszym obszarze NIC SIĘ ZMIENIŁO w kwestii liczby osobników do odstrzału. Nie znamy pełnego planu rządu, ale forma protestu środowisk ekologicznych (abstrahując od jej celowości) wydaje się być nieadekwatna do rzeczywistych instrukcji przynajmniej dla Dolnego Śląska. Ponadto okres luty-marzec to minimum zakażalności, więc wydaję się to optymalnym oknem czasowym na redukcję populacji. Z drugiej strony środowisko hodowców dyskredytuje (słusznie) dotychczasowe działania rządu czekając na realne działania jak również służb weterynaryjnych i instytucji naukowych (już częściowo bezpodstawnie). I znowu wchodzimy w politykę, gdyż rolnicy indywidualni (którzy po wielu latach w końcu się jednoczą i mówią jednym głosem blokując starą metodą drogi) to potencjalny elektorat PIS-u. Zalecenia bioasekuracji (skąd inąd najskuteczniejszej strategii walki z ASF) najbardziej uderzają w drobnych hodowców, gdy producenci na skalę przemysłową (kapitał zagraniczny) z łatwością dostosują się do nowych wymagań.

Podsumowując premier Morawiecki i prezes Kaczyński zostali postawieni w trudnej sytuacji. Latem nastąpi sezonowe przyśpieszenie propagacji ASF i być może od reakcji rządu mogą się ważyć przyszłe wybory.

Prewencja zakazen przenoszonych droga plciowa (STD)

O chorobach STD w Polsce sie mało mówi, prawie jakby nie istniały (no i patrząc na dane nt chorób zakaźnych mogą pochodzić z GUS-u lub PZH, to nawet można by się z tym zgodzić). Ale jak jest (lub może być) naprawdę? Pare rachunków poniżej. Ciekawe, że jeżeli pojawia się w mediach choroba STD inna niż HIV, to okazuje się że większość publicystów zachowuje się jakby przynajmniej miała specjalizację pierwszego stopnie z wenerologii (choć przyjmniej odkąd żyje nie prowadzi się już tej sprcjalizacji). I dowiadujemy się, że kolega z partii Korwin „musiał wiedzieć” o tym, że zakaża kobiety (mimo, że w zależności od miejsca zakażenia praktycznie bezobjawowo przechodzi 25-50% infekcji. A jaka jest skala porblemu zakażeń nie HIV:

Szacunkowo na jedno nowe zakażenie HIV (STI) w populacji białej przypada mniej więcej nowych zakażeń: 5000 HPV, 1000 Chlamydii, 500 Rzęsistkowic, 400 Kił, 40 Rzeżączek, 20 HSV, itd.

Podano liczby zakażeń rejestrowanych (Nowa Południowa Walia) bądź oszacowanych (USA, Polska). Nie korzystam tutaj z danych Przeglądu Epidemiologicznego, ponieważ dla większości z istotnych dla zdrowia publicznego chorób zakaźnych (poza HIV, HBV i HCV), a na pewno dla żadnej z wymienionych w przypisie zakażeń STI, metody diagnostyczne rekomendowane przez CDC w Atlancie czy ECDC w Sztokholmie nie są refundowane przez NFZ, przez co zapadalność na choroby zakaźne w Polsce zdecydowanie nie jest wiernie reprezentowana przez notyfikacje. Refundacja diagnostyki (jako element dostępu do opieki medycznych) może mieć znaczenie np. ze względu na powszechność testów w przypadku zakażeń bezobjawowych lub o przebiegu łagodnym. Jak inaczej można wyjaśnić np. to że w Szczecinie zgłasza się rocznie do Inspekcji Sanitarnej pojedyncze przypadki Chlamydii, a w odległym o pół godziny drogi Berlinie tysiące. Nie jest to jednak tematyka artykułu, a to co jest istotne dla czytelnika to winny być proporcje między różnymi zakażeniami. Stąd dane przedstawiam z regionów/krajów, gdzie zbierane są rzetelnie i odzwierciedlają rzeczywistość, gdyż po lekturze Przeglądu Epidemiologicznego można dojść do wniosku, że problem STI w Polsce właściwie nie istnieje.

Prezentowane przemyślenia są po częsci wynikiem wyjazdu na konfrencję 2018 STD (Sexually Transmitted Diseases) Prevention Conference, a wyjazd był współfinansowany przez MI-NET, którą polecam jako źródło finansowania na projekty z zastaosowania metod matematycznych.

ASF za 4 lata w Niemczech, za 3 lata w Wielkopolsce

Ostatnie nasze predykcje zostały szeroko cytowowane w mediach. Poza jednym artykułem, wszystkie zawierają jakieś (na szczęście niewielkie) błędy, bądź nadinterperacje, ale przekaz poszedł w swiat:)

https://www.agropolska.pl/produkcja-zwierzeca/trzoda-chlewna/asf-dotrze-do-niemiec-za-cztery-lata,1437.html

https://www.topagrar.pl/articles/afrykanski-pomor-swin-asf/asf-za-trzy-lata-w-wielkopolsce/

http://warchlaki.com.pl/2018/06/19/asf-moze-byc-w-niemczech-w-ciagu-4-lat/

https://www.cenyrolnicze.pl/wiadomosci/asf/12634-asf-w-niemczech-juz-za-cztery-lata

https://www.euromeatnews.com/Article-Harsh-prediction:-Germany-will-be-hit-by-ASF-in-a-few-years/1459

http://www.maskinbladet.dk/svinebrug/artikel/svinepesten-kan-vaere-i-tyskland-om-fire-ar

http://www.jawina.de/tag/afrikanische-schweinepest-asp/

https://www.pigprogress.net/Health/Articles/2018/6/African-Swine-Fever-can-be-in-Germany-in-4-years-298425E/

https://twitter.com/ina_toppari/status/1007060422392889344

http://magyarmezogazdasag.hu/2018/07/02/negy-even-belul-az-afrikai-sertespestis-eljut-nemetorszagba

https://www.boerderij.nl/Varkenshouderij/Nieuws/2018/6/AVP-binnen-4-jaar-in-Duitsland-298834E/

https://www.agrotrend.hu/hireink/evente-200-km-t-is-megtehet-a-veszelyes-betegseg

https://landbrugsavisen.dk/svin/tyskland-kan-rammes-af-afrikansk-svinepest-om-fire-år

http://www.vet.info.pl/asf-moze-dosiegnac-niemiec-w-ciagu-4-lat,2239

Paradoks transformacji technologicznej w służbie zdrowia o ograniczonych zasobach

Nawiązując do poprzedniego postu Mołdawia otrzymała ok 2 miliony EUR na zmianę wytycznych metod mitygacji konsekwencji zakażeń HPV. Wcześniej zajmowaliśmy się kosztową efektywnością szczepień, a teraz zajeliśmy się badaniami przesiewowymi. Podstawowym celem naszych analiz było sprawdzenie na ile droższe, ale o wyższej specyficzności testy cytologiczne Pap (w stosunku do obecnie stosowanej metody Romanowskiego) będą obciążeniem dla budżetu Mołdawii. Niestety operacyjne koszty związane z nową technologią w perspektywie 10-20 lat nie tylko przewyższą koszty leczenie chorób wywoływanych przez HPV, ale koszty prewencji osiągną 0,5% wszystkich wydatków państwowych na służbę zdrowia. Nie ulega wątpliwości, że transformacja Romanowski->Pap jest kosztowo-efektywna, ale nie jest wystraczająco wydajna. Pozostaje pytanie czy Mołdawię stać na taką zmianę?

Plakat na ten temat zaprezentowaliśmy na konferencji Mat-bio w Sydney:

math_biop

a nasz udział współfinansował projekt ENJECT– zajmujący się właśnie konsekwencjami zmian technologicznych w służbie zdrowia.

Łowcy komarów

Wygraliśmy konkurs na najlepszy projekt na Hackatonie ICID.

Przygotowaliśmy w ciągu 3 dni itnensywnej pracy oraz nauki GIS, drukowania 3D, Ardulino itp. taki projekt:


Mosquito Hunters

Dotyczy on innowacyjnej kontroli rozmnażania komarów przenoszących Zika i Dengę w Ameryce Południowej za pomocą aplikacji na telefon dla dzieci.

Wyjazd był współfinasnowany przez „Mi-network” i inni Polscy naukowcy – matematycy mogą zbobyć granty na wyjazdy.

Arsen w Głogowie, czystość powietrza w Polsce

O jakości powietrza w Polsce dużo się mówi, zwłaszcza w naszym Wrocławiu, który chwalebnie wyprzedził Kraków w wynikach pomiarów PM10 i PM2,5.

W epidemiologii chorób związanych z zanieczyszczeniami dominują choroby układu krążenia i oddechowego. Bazując na swojej eksploracji, połaczyłem przedwczesną umieralność (z powodu chorób układu krążenia) ze strężeniem PM10 w przestrzennym modelu (podział na Polskę A i B))

Wyklarował się podział na lepszą (jaśniejszą) i gorszą Polskę (ciemnjszą) jednocześnie biorąc po uwagę PM i umieralności

16.03.2018 będziemy na Uniwersytecie Medycznym im. Piastów Śląskich się zastanawiać na społecznymi aspektami podwyższonego stężenia Arsenu.

Proszę zwrócić uwagę, że norma średniotygidniowej ekpozycji na arsen to 6ng/m3, a jesienią 2017 mieliśmy ponad 10krotne przekroczenie tej normy. Spadek wakacyjny jest najprawdopobnie wynikiem awarii Huty Głogów, ktora zmniejszyła znacznie w tym czasie swoją produkcję.

Operacja „Berlin” pochód ASF na zachód

Analizując rozprzestzenianie się Afrykańskiego Pomoru Świń w Europie nie mogę powstrzymać się od porównania z II Wojną Światową (na podstawie opracowań Królewskiego Instytutu Weterynarii Zjednoczonego Królestwa):

Aktualny pomór ASF pochodzi z Kaukazu (ok 2009), ale do 2013 roku ograrnął całą europejską Rosję i potem rozprzestrzeniał się dalej na zachód. Mamy Front „Białoruski” (scieżka przez północną Polskę) i Front „Ukraiński” (ścieżka przez przez Rumunię i Czechy).

Nawet genetycznie/przestrzennie/czasowo te 2 scieżki dają się rozróżnić metodami klasteryzacji.