Autor: ajarynowski

SARS-CoV-2 w Szwecji – droga do sukcesu

Jako że Szwecja jako prawdopodobnie jedyny kraj na świecie podąża zgodnie z naukowymi epidemiologicznymi rekomendacjami, warto się przyjrzeć co tam się dzieje.

Reprezentatywne losowe badania serologiczne mieszkańców województwa sztokholmskiego dają nam postawę twierdzić jaka część populacji miała kontakt z wirusem i wytworzyła przeciwciała:

Oznacza to że szczyt chorobowości będzie koło 15 maja.

Wiemy więc z dużym prawdopodobieństwem, że ponad 85% zakażeń wirusem SARS-CoV-2 ma postać bezobjawowo lub skąpoobjawowo.

Latem Szwecja będzie wolna od epidemicznej postaci COVID-19 (choć wirus będzie zapewne wciąż krążył poniżej progu reprodukcji), a dzięki odporności zbiorowej najprawdopodobniej nie będzie tam drugiej fali na jesień.

Czyli jak są możliwości i chęci, to można skutecznie walczyć z pandemią COVID-19, ale na pewno nie wolno uważać, że ścieżka szwedzka jest podobna do białoruskiej.

Wcale nie trzeba masowo testować, ale przede wszystkim bazować na opracowywaniu ognisk, wyłapywaniu przypadków i śledzeniu kontaktów.

Wcale nie trzeba stosować pełnego dystansowania społecznego, tylko należy wdrożyć reżim sanitarny oraz dystansowane fizyczne.

Wcale nie trzeba zamykać całej gospodarki, tylko wystarczy ograniczać najniebezpieczniejsze branże.

Wcale nie trzeba zamykać żłóbków, przedszkoli i młodszych klas szkół podstawowych (affinity index<10 zapadalności), tylko należy zamknąć szkoły średnie i wyższe i trzymać je zamknięte jak najdłużej (affinity indeks >150 kontaktowości).

Oczywiście szwedzka ścieżka nie sprawdziła by się w Polsce, bo to karne społeczeństwo i służby epidemiologiczne mają możliwości przerabiać dużą liczbę przypadków na raz (po kilka tysięcy w samym Sztokholmie).

Eksperyment szwedzki okazuje się udany – wystarczy spojrzeć na jego kosztową efektywność (najniższa w UE różnica między oczekiwaną a prognozowaną przed pandemią zmianą PKB tylko w 2020 po uwzględnieniu inflacji).

Jednak należy pamiętać o kosztach liczonych w tysiącach zmarłych pacjentów senioralnych. Tylko czy recesja i wyniszczająca izolacja i ograniczony dostęp do służby zdrowia nie doprowadziłby do jeszcze większej liczby zgonów jak w innych krajach europejskich?

Empiryczne badania społeczne w Polsce istotne dla zdrowia publicznego i epidemiologii w kontekście COVID-19

Lista empirycznych badań społecznych w Polsce istotne dla zdrowia publicznego i epidemiologii w kontekście COVID-19

Subiektywna lista aktualnie prowadzonych empirycznych badań społecznych czy wtórnych analiz danych rejestrowych w Polsce w wymiarach:

  • zdolność do adaptacji i zmiana norm w kontekście dystansowania społecznego i przestrzegania zasad higieny;
  • percepcja i komunikacja ryzyka oraz panika;
  • wzorce zachowań kontaktowych;
  • źródła do kosztowo-efektywnej analizy scenariuszy działań mitygacyjnych.
tagi
Słowa kluczowe z artykułów prasowych dotyczących „Koronawirusa”

Brak jest też badań stricte medycznych, gdyż do tego służą inne platformy. Celowo pomijam badanie nieoparte na empirii oraz nieweryfikowalne popperowsko jak prognozy modeli matematycznych, czy niektóre badania z politologii, prawa, psychologii klinicznej, historii, kulturoznawstwa itp. ze względu na brak implikacji epidemiologicznych.

W zależności od dziedziny, są dostępne stare badania jak Diagnoza Społeczna, World Value Survey itp. do który można sięgnąć jako analiza danych wtórnych. Sporo tematów się powtarza i warto, żeby polscy badacze wiedzieli co robią inni. Ważnym aspektem są mierzalne negatywne skutki restrykcji w wymiarze populacyjnym. Zauważyłem niepokojący fakt iż w preprintach zdarza się, że badacze targetujący swoje wyniki dotyczące Polski do społeczności międzynarodowej, nie przywołują nawet jedno polskiego badania spoza ich grupy badawczej. Stwarza to mylne wrażenie dla czytelnika zagranicznego, że w Polsce nic się nie dzieje…

Przegląd quasi-systematyczny pierwszych 200 badań (180 po selekcji do 25.05) jako pilotaż został wstępnie opracowany: http://cejsh.icm.edu.pl/cejsh/element/bwmeta1.element.desklight-a8f411a3-64a8-4d36-a7d6-c02e1acb8489

a dane do meta-analizy, które są dostępne https://zenodo.org/record/4319813

Badanie nie są już systematycznie zbierane od czerwca 2020, a jedynie od czasu do czasu uzupełniane .

Roboczo podzieliłem dyscyplinami. Niektóre badania już są częściowo opublikowane (możemy na bieżąco monitorować zachowania społeczne), a inne są dopiero w trakcie realizacji (ważne żeby zobaczyć co inni badają, jakie są hipotezy badawcze i metodologia).

Socjologia:

Badania ekonomiczne:

Badania polityczne i zarządzanie:

Psychologia społeczna:

Pedagogika i badanie edukacyjne:

Etnologia:

Geografia społeczna:

Etyka i filozofia:

Nauki o bezpieczeństwie:

Komunikacja i Media:

Zdrowie publiczne:

Perspektywa interdyscyplinarna:

Projekcje przyszłości rozprzestrzeniania się SARS-CoV-2

W sumie to niewiele wiemy jak będzie wyglądała przyszłość i rozwój epidemii. Mamy dobre modele amerykańskie i brytyjskie oraz kilka zabawek polskich o czym było w poprzednich postach.

Zakładając prosty model SEIR dla Polski oraz parametry: czas inkubacji: 4.5 dni, czas trwania infekcji/czas do izolacji: 6.5 dni, średnia dzienna liczba kontaktów kończących się zakażeniem: 0.39 oraz 40 zakażonych z zagranicy. W takim wypadku stopa reprodukcji wynosi 2.5.

Załóżmy, że klimat (pogoda) ma wpływ na zakażalność i niech będzie ona mniejsza latem np. przez podatność wirusa na wysokie temperatury i inną strukturę kontaktów fizycznych) i niech liniowo zmniejsza się zakaźność docelowo do 50% latem.

Załóżmy, że dystansowanie społeczne również wpływa na zakażalność (w naszym przypadku np. o 30%).

Taki wybór czynników korygujących (klimat i dystansowanie) dobrze dopasowuje się do przebiegu rejestrowanych zakażeń w Polsce (do 22.03). Należy zwrócić uwagę, że modelu mamy rzeczywiste zakażenia, a w rejestrach mamy tylko wyłapane przypadki (raz że z opóźnieniem, dwa że zapewne znaczne niedoszacowane np. przez małą liczbę wykonanych testów i przypadki asymptomatyczne).

Scenariusz bez słabnącego dystansowania. To I(czerwony) – zapadalność surowa z modelu; To IPL(zielony) – rejestrowane nowe przypadku w Polsce od 04.03; cli (żółty) – współczynnik modyfikacyjny klimatu, dis (bordowy) – współczynnik modyfikujący roli dystansowania.

Dla takiego prostego modelu i układu parametrów oraz warunków początkowych można uzyskać nie tylko spłaszczenie krzywej epidemicznej, ale również przeniesienie głównego piku zakażeń na jesień (może coś nauka wymyśli do tego czasu).

Jednak, czy da się zatrzymać gospodarkę na pół roku? W inny scenariuszu, w którym luzujemy stopniowo społeczne dystansowanie po świętach Wielkanocnych, niestety nawet latem przyrost liczby zakażeń może nie nastąpić i może dojść do masowej epidemii.

Scenariusz ze słabnącym dystansowaniem. To I(czerwony) – zapadalność surowa z modelu; To IPL(zielony) – rejestrowane nowe przypadku w Polsce od 04.03; cli (żółty) – współczynnik modyfikacyjny klimatu, dis (bordowy) – współczynnik modyfikujący roli dystansowania.

Oczywiści to tylko prosty model i nie wiadomo gdzie w przestrzeni fazowej parametrów jesteśmy i jakie ją inne czynniki wpływające na rozwój epidemii. Jednak jeśli nie znajdziemy szczepionki, czy farmakoterapii/farmakoprofilaktyki lub wirus nie zmutuje (oczywiście w stronę łagodniejszą) to w większości scenariuszy będzie w Polsce źle.

Czemu Polska jest nieprzygotowana na „Koronawirusa”

Modelowanie matematyczne i danologia nie ma wpływu na decyzje rządzących w większości krajów kontynentalnej Europy.

Wieloletnie zaniedbania w polskiej epidemiologii i zakaźnictwie (mamy mniej niż 500 aktywnych specjalistów epidemiologów i mniej niż 1000 aktywnych specjalistów chorób zakaźnych). Jakoś kardiolodzy, czy onkolodzy potrafili zorganizować odpowiednie finansowanie dla swojego zaplecza matematyczno-danologicznego.

Wielka Brytania (o której tak dużo się obecnie dyskutuje) podobna populacyjne do Polski posiada więcej specjalistów od modelowania epidemiologicznego niż w Polsce jest epidemiologów!!! Oni mogą podejmować (nawet kontrowersyjne) decyzje, ale przynajmniej maja kilka niezależnych modeli kosztowo-efektywnych działań mitygacyjnych i wiedzą jakie są plusy i minusy oraz znają ryzyka.

Oskarża się nas, że nie informowaliśmy o niebezpieczeństwie…co oczywiście jest nieprawdą, bo od stycznia wykonaliśmy ogromną ilość próśb do decydentów o zabezpieczenie środków pieniężnych, rzeczowych i kadrowych i jedyne co to mogliśmy, to sobie poprzeklinać, gdyż władza centralna i samorządowa miała inne priorytety. 5 lat temu podsumowaliśmy stan modelowania epidemiologiczne w Polsce i nic się specjalnie w międzyczasie nie zmieniło. Kto ma zbierać i analizować dane? Jeszcze w styczniu postulowaliśmy o powołanie grupy ds. modelowania szerzenia się nCoV-2019/SARS-CoV-2 , ale nikt nie chciał tego oczywiście sfinansować.

W chwili obecnej dzięki entuzjastom mamy kilka prostych modelików dla Polski (np. Model fizyka , analiza danych zagregowanych i model z doposasowaniem krzywych), czy analiz danych (np. dane indywidualne inżynierów ) i może coś ciekawego powstanie w czasie rządowego hackatonu (hackaton). Gdzie są warszawskie instytucje, które jako jedyne posiadają środki budżetowe i unijne jako ośrodki fokalne jak NIZP-PZH, czy dział analiz Ministerstwa Zdrowia oraz Państwowe Instytuty Badawcze?

Gdyby nie osoby prywatne, NGO, samorządy, firmy, polskie i zagraniczne uczelnie wraz z PAN -em oraz finansowanie zagraniczne, to „by nie było niczego”.

Przypomnę, że średnia wieku w NIZP-PZH > 50 lat, a mediana zarobków w Inspekcji Sanitarnej < 2500 zł netto (a właśnie na nią wylewa się pomyje pomimo iż ludzie w stacjach powiatowych i wojewódzkich robią co mogą przy ograniczeniach kadrowych i budżetowych).

Ile grantów NCN, NCBiR i ministerstwo zdrowia przyznało na obliczeniową epidemiologię chorób zakaźnych w ostatnich latach? – kilka o których wiem. Polska jest biednym krajem, ale w krajach tej samej ligi jak Estonia, czy Czechy mają zabezpieczenie epidemiologiczne, więc się da jak odpowiednio ustawi się priorytety.

SARS-CoV-2 opracowanie pierwszych ognisk

Przedstawiam opracowanie pierwszych 48 przypadków 04-12.03.2020.

Krawędź – związek epidemiologiczny, wierzchołek -pacjent zainfekowany węzłem, współrzędne i nazwy – miasta i współrzędne geograficzne, kolory – potwierdzenie dzień marca

Dane o związkach epidemiologicznych pochodzą z opracowania Gazety Wyborczej

https://biqdata.wyborcza.pl/biqdata/7,159116,25755719,koronawirus-w-polsce-europie-i-na-swiecie-mapy.html

Percepcja “Koronawirusa” w polskim Internecie do potwierdzenia pierwszego przypadku wirusa w Polsce

Problem: W związku rozprzestrzenianiem się zakażeń wirusem SARS CoV-2 i choroby COVID-2019 istnieje potrzeba analizy percepcji problemu w Polsce w celu przygotowania szczególnych rozwiązań, umożliwiających podejmowanie działań minimalizujących zagrożenie dla zdrowia publicznego. Więcej z SARS-CoV-2 paniki niż rzeczywistego pandemicznego ryzyka, ale przy dysfunkcjonalnej polskiej służbie zdrowia (brak kadr i dostępności do szybkich testów itp.), wirus może trafić na podatny grunt, zwłaszcza że 04.03.2020 potwierdzono pierwszy przypadek wirusa w Polsce.

Metodologia: Naszym zadaniem jest badanie percepcji wirusa w polskim społeczeństwie za pomocą analizy ilościowej śladu cyfrowego w Internecie (Twitter, Google, Youtube, Wikipedia i media elektroniczne reprezentowane przez Event Registry) od pojawienia się pierwszych informacji w styczniu 2020 do 03.03.2020. Wykorzystano proste techniki dataminingowe, przetwarzania języka naturalnego czy analizy danych społecznościowych. Każda badana platforma internetowa została poddana analizie reprezentatywności oraz składu grupy docelowej.

Wyniki: Zainteresowanie wirusem ma charakter falowy i posiada informacyjne fazy “chińską” i “włoską” na wszystkich platformach oraz fazę komentatorską na mediach społecznościowych dotyczącą specustawy. W mediach społecznościowych duże znaczenie mają pojęcia i zagadnienie zagrożenia, strachu i prewencji. Sieci Twittera odzwierciedlają polską scenę i podziały polityczne. Zidentyfikowano potencjalne źródła dezinformacji oraz zaprezentowano głównych aktorów i influencerów.

Wnioski: Media tradycyjnie i społecznościowe nie tylko odzwierciedlają rzeczywistość, ale ją też tworzą. Polskie władze mogły by, posiadając rzetelną analizę percepcji problemu, przygotować się i zarządzać społecznym wymiarem epidemii w sposób optymalny. Ze względu na zaobserwowanie baniek informacyjnych (np. na Twitterze), publiczne kampanie informacyjne mogą mieć mniejszy wpływ na społeczeństwo niż oczekiwano. W celu większej penetracji, być może należy bardziej dywersyfikować kanały informacyjne, by dotrzeć do jak największej liczby ludzi. Premier i wojewodowie, korzystając z uprawnień wynikających z procedowanej specustawy o zwalczaniu COVID-2010, mogą nakazać blokowanie kont i treści szerzących dezinformację oraz podejrzewanych o bycie agentami wpływu wywiadów zagranicznych.

Preprint dostępny:

https://www.academia.edu/42147911/Percepcja_Koronawirusa_w_polskim_Internecie_do_potwierdzenia_pierwszego_przypadku_wirusa_w_Polsce_Wstepne_wyniki

Koronawirus w polskim internecie

Zainteresowanie Koronawirusem z Wuhan można mierzyć (jak w tym przypadku opracowanym wspólnie z Vitaly Belik ).

Można wyróżnić 2 fazy zainteresowania – z końca stycznia (kiedy w Chinach ogłoszono i potwierdzono epidemię) oraz z końca lutego (kiedy we Włoszech wzrosła liczba zakażeń).

Zapytania w Google „Koronawirus” w Polsce

Zainteresowanie widać również na Twitterze.

Zliczenie Twittów dziennie z #Koronawirus w Polsce

Sieć retweetów pokazuje jak dyskurs jest podzielony na obóz rządzący, opozycję i sektę religijno-polityczną Chojeckiego. W tej sieci pokazano tylko konta, które wygenerowało przynajmniej 3 tweety.

Sieć retwittów z #Koronawirus. Kolor szary – obóz rządzący, kolor pomańczowy – opozycja, żółty – sekta Chojeckiego

Plik sieci w grafice wektorowej (jakby ktoś chciał wyszukać konta).

http://interdisciplinary-research.eu/wp-content/uploads/2020/02/dsada.pdf

Kiedy 2019-nCoV trafi do Polski?

Istnieje całkiem dobry bazowy matematyczny model wyliczający efektywny dystans między lotniskami świata.

http://rocs.hu-berlin.de/corona/

Załóżmy źródło zakażenia w Wuhan (WUH)

WUH

Polska to peryferia. Jednakże ciekawe, że WAW jest niżej niż KRK w analizie ryzyka ze względu na usieciowanie ze źródłem w Wuhan. Wynika z tego, pewnie prędzej będziemy mieli introdukcje droga lądową lub przez lotniska regionalne niż przez lotnisko im. Chopina.

Wuhan koronawirus

Kwestia szacowania rzeczywistej liczby zakażeń jest popularnym zagadnieniem wśród specjalistów, zwłaszcza że wirus z Wuhan ma ogromny potencjał medialny. Przede wszystkim główne charakterystyki epidemiologiczne wirusa jak jego współczynnik zaraźliwość (prawdopodobieństwo zakażenia na kontakt) i jej czas trwania nie są znane. Wiemy, że czas inkubacji trwa kilka do kilkunastu dni, a śmiertelność wynosi ok 3% (w większości w obciążonej np. starszej populacji). Dodatkowo sprawozdawczość z ChRL jest politycznie obciążona (np. przez wpływ na handel zagraniczny). Począwszy od ogłoszenia wykrycia nowego wirusa 31.12.2019 (podobno przypadki notowano już na początku grudnia), do 25.01.2020 odnotowano niecały 1000 przypadków.

W związku z tym, że kilkadziesiąt (ok 5%) z nich odnotowano zagranicą (w tym odległych krajach jak USA czy Francja), podejrzewa się że zakażonych może być znacznie więcej. Przyjrzyjmy się więc mobilności. W Wuhan znajduje się lotnisko obsługujące populację ponad 20 mln metropolii oraz dodatkowe 30 mln prowincji. Ruch lotniczy wynosi 25 mln wyloto/osób z czego około milion to podróże zagraniczne (bezpośrednie loty to 300 tyś) rocznie. Zakładając około miesięczne okno wyjazdowe oraz że obszar zapowietrzony zamieszkały przez ok 10 mln mieszkańców generuje ponad połowę ruchu zagranicznego, otrzymamy około 100 000 podróży wyjazdowych (przy uwzględnieniu zwiększonych potoków w związku z nowym rokiem księżycowym), co stanowi 1% populacji narażonej.

Mamy więc dysproporcję między 5% zapadalności zagranicznej oraz 1% mobilności. Wynika z tego, że możliwym jest iż epidemia jest istotnie większa (5 krotnie w naszym teoretycznym przypadku). Oczywiście powyższe szacunki są bardzo „na oku” i nie uwzględniają wielu czynników. Jednak na ich podstawie warto zwrócić uwagę na możliwe niedoszacowanie oficjalnie podawanej liczby chorych.

Sapkowski – sprzedaż książek

Książki Andrzeja Sapkowskiego są chwilo (na podstawie ostatnich 24h) po świętach Bożego Narodzenia najczęściej sprzedawanymi książkami na Amazon.com z powodu popularności serialu Wiedźmin (The Witcher) produkcji Netflix.

Amazon Author Rank z 30.12.2019

Należy zwrócić uwagę, że w przemyśle kreatywnym tydzień po świętach jest tygodniem o najmniejszej sprzedaży książek w roku, więc chwilowa wysoka pozycja w rankingu świadczy raczej o braku światowej konkurencji. Dodatkowo niska pozycja w nośnikach elektronicznych oznacza, że zakup książek wiąże się raczej z kolekcjonowaniem gadżetów niż chęcią zapoznania się literaturą polskiego AS-a fantasy.

Nie oznacza to, że Sapkowski nie jest niekwestionowanym liderem polskiego rynku książek z kilkoma milionami sprzedanych egzemplarzy oraz przychodów z kontaktów na produkcję gier i filmów na prawie 100 mln zł rocznie.